在太一一行人告別數(shù)碼世界后數(shù)碼世界并沒有就此關閉朝向人類的大門而數(shù)碼世界的內部卻沒有太平多少時日就又開始了紛爭 　　數(shù)碼世界急需一批被選中的孩子來維護數(shù)碼世界和人類世界的和平太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生沒有太多精力和時間能夠和數(shù)碼寶貝們一起并肩作戰(zhàn)只有阿武和小光成為了新一代的領頭人被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音）、火田伊織（夏樹惠 配音）等人和他們一同戰(zhàn)斗的除了亞古獸、加布獸等還有新的數(shù)碼寶貝參與于是在第一代數(shù)碼人的帶領下新的數(shù)碼寶貝和守護者們開始了同邪惡勢力的作戰(zhàn)……